Plan des enseignements :

Nombre d'heures de cours : 20 heures 

• COMPARAISONS AUX BANQUES DE DONNEES (4H)
  • Présentation de l'analyse de séquences en biologie
  • banques de données
  • formats de fichiers
  • Alignement de deux séquences
  • Présentation des matrices de scores
  • Algorithmes optimisés
  • Algorithme d'alignement global de Needleman et Wunsch
  • Algorithme d'alignement local de Smith et Waterman
  • Utilisation d'heuristiques pour la comparaison aux banques
  • FASTA
  • BLAST
  • Comparaisons d'ADN ou de protéines par rapport à de l'ADN ou des protéines
    
    
• RECHERCHE DE MOTIFS PROTEIQUES (2H)
  • Construction d'alignements multiples de séquences
  • Alignement multiple par Clustal ou Dialign
  • Notion de consensus de séquences et conséquences
  • Présentation des motifs, profiles, fingerprints, domaines.
  • Banques Prosite, Blocks, PRINTS, ProDom
  • Stratégies itératives de recherche de profiles dans les banques: PsiBlast et Impala
  • Les chaînes de Markov et leurs applications au traitement des séquences
  • Principe des HMM
  • Construction de HMM et comparaison aux banques avec HMMER
  • Les banques Pfam
    
    
• PHYLOGENESE (2H)
  • Construction d'un arbre de distances
  • Méthode UPGMA
  • Méthode Neighbor-Joining
  • Principe de la parcimonie
  • Construction d'un arbre par la méthode de maximum de vraisemblance
    
    
• MODELISATION MOLECULAIRE (5H)
  • Visualisation de données de cristallographie
  • Banque PDB
  • Rasmol
  • Modélisation des effets d'une mutation
  • Principe du logiciel AMBER
  • Minimisation d'énergie potentielle (mécanique moléculaire)
  • Calculs de dynamique moléculaire (Brownienne, Newtonienne)
  • Modélisation par homologie
  • Application à la fixation d'un ligand (docking de composés pharmaceutiques)
  • Modélisation d'une structure non connue
  • Modélisation de structures 2D
  • Optimisation énergétique des structures 3D
     
• GESTION DE SEQUENCES A GRANDE ECHELLE (PROJETS GENOMES) (3H)
  • Introduction aux projets génomiques: projets académiques versus société Celera
  • Présentation des projets STS, EST, HTG-NT, SNP
  • Séquençage de contigs ordonnés versus "shotgun sequencing" de tout un génome
  • Présentation des logiciels de traitement automatisé de séquences
  • Phred, Phrap, Consed, Arachne
  • Familles de séquences répétées dans les génomes: origine et variations
  • RepeatMasker
  • Définition du nombre de gènes d'un génome et classement par groupes des EST
  • Logiciel Cap3, et les banques Unigène
  • Les polymorphismes de l'ADN et les banques de SNP
    
    
• PREDICTION DE GENES (2H)
  • Evolution des méthodes de prédiction de gènes
  • Application aux différents génomes
  • Genscan - Genoscan pour les génomes humain et de plantes
  • Genmark - Genmark.hmm pour le génome de drosophile
  • Glimmer pour le génome de bactéries
  • Prédiction d'un gène d'après un HMM protéique (Wise2)
    
    
• ANALYSES POST-GENOMIQUES (2H)
  • Présentation des systèmes d'analyse de microchips et de définition de groupes